والدین حضرت آیت الله بهشتی شدیدا به ادامۀ تحصیل ایشان اهمیت می دادند و کم کم زمزمه کردند که فرزندشان برای ادامۀ تحصیل به شیراز بروند. در سال 1328، یعنی در سن 14 سالگی، به همراه والد خویش به حوزۀ علمیۀ «آقا باباخان» آمدند. پیش از معرفی دروس حوزوی این دوره و اساتیدی که آیت الله بهشتی در محضرشان تلمذ نمودند مناسب است به این مطلب نیز اشاره شود که ایشان در ین  مرحله، از تحصیلات کلاسیک مدرسه ای نیز غافل نماندند و با وجود همۀ موانع و مشکلات و سوء نگرش هایی که به این گونه دروس وجود داشت، با اتخاذ تدابیر درست و کارگشا توانستند به این هدف علمی خود نیز دست یابند. در اولین جلسۀ مصاحبه با رادیو فرهنگ ، که در تاریخ 7/5/82 انجام شده، خاطرات خود را از آن دوران، بدین گونه ترسیم می فرمایند:

..منتها از همان موقع با این که مدرسه نرفته بودم و حساب و هندسه ای نـــــــــــــــخوانده بودم اما احساس غبن و ناراحتی می کردم. این بود که به صورت متفرقه تصمیم گرفـــــــــــــتم کــــه دروس کلاسیک را بخوانم. ششم ابتدایی را در شیراز امتحان دادم و موفـــــــــــــــق شـــــــــدم. و مدرک ششم ابتدایی را به دست آوردم. مدرسۀ آقا بابا خان، مدرسی داشت بسیار جدی و سختگیر. خیلی از آقایان علما مخالف بودند که طلبه بخواهد دروس کلاسیک و جدید بخواند. به این لحاظ، مدرس مدرسه که شخص بزرگواری هم بود و من به وی ارادت داشتم،  از این لحاظ با من سازگار نبود. به این لحاظ تصمیم گرفتم از مدرسۀ آقا بابا خان خارج شوم و به مدرسۀ خان بروم. این مدرسه در آن زمان تحت نظر یکی از علمای برجستۀ شیراز به نام آیت الله سید نورالدین شیرازی بود. در مدرسۀ خان هم که محیط بازتــــــــــــرو آزادتری داشت دروس کلاسیک را ادامه دادم و بالاخره موفق شدم سیکل اول را تمام کنم . چون در نظام قدیم به این صورت بود که داوطلب باید یک مرتبه سیکل اول) یعنی پایه های هفتم و هشتم و نهم( را امتحان می داد. و من این سیکل را یک ساله به اتمام رساندم. بعدهم سیکل دوم) یعنی پایه های دهم، یازدهم و دورازدهم)  را تمام کردم و مدرک دیپلم را به دست آوردم.

مرحلۀ نخست: تحصیل در مدرسۀ آقا بابا خان.

مرحلۀ دوم: تحصیل در  مدرسۀ خان.

در مدرسۀ خان با آیت الله حاج سید نورالدین حسینی شیرازی ـ که سر پرستی مدرسه را هم بر عهده داشت ـ آشنا گردیدند و در دروس تفسیر قرآن وی که صبح ها در منزل ایشان تشکیل می شد شرکت جستند. در کتاب « خبرگان ملت»، صفحۀ 109 در بارۀ ویژگی های شخصیتی حاج سید نورالدین و تأثیرات مثبت وی می نویسند:

پس از کودتای 28 مرداد 1332 با مرحوم آیت الله حاج سید نورالدین حسینی که سرپرستی مدرسۀ خان شیراز را بر عهده داشت و این حقیر چند ماهی در آن مدرسه اقامت داشتم آشنا شدم و در جلسات تفسیروی که رونق خاصی داشت حضور یافتم. این آشنایی، منشأ تحول روحی من بود. او مجتهد و مرجعــــــــی  سیاستمدار و عملا پیوند دهندۀ  دین و سیاست بود. در ماجراهای سیاسی فعال بود. در اعدام نواب سیاسی و یارانش در جلسات درس و منبرها زبان به اعتراض گشود. با بهائیت شیراز ـ با وجود سیاست مماشـاترژیم ـ  درگیر شد و شخصا دستور تخریب خطیرت القدس را که در خیابان احمدی شیراز بود صادر کـرد و خود بر این کار ناظر بود و افسری که برای مقابله آمده بود مجروح گردید. شاید سال 1333 شمسی بود که به پیشنهاد و اصرار  آن مرحوم، این جانب لباس روحانیت پوشیدم. او در سال 1335 شمســـی در روز ولادت امیر المؤمنین علی (ع) زندگی را بدرود گفت و چون مرگش غیر مترقبه بود همه گفتند توطئــه ای در کار بوده است. فقدان او در من تأثیر دردناکی داشت و در رثایش اشعاری سرودم.

ایشان ( آقا سید نور الدین) در ضمن درسش خیلی تعریف فلسفه می کرد، البته درس فلسفه   نمی گفـــــت تفسیر می گفــت، ولی گه گاه حاشیه می رفت. یک بار هم گفت: من وقتی می خواستم فلسفه بخوانـــــم از پدرم اجازه گرفتم... و او گفت: به یک شرط، آ ن هم این که مقلد فلاسفه نباشی. پدرشان هم از روحانیون برجستۀ شیراز بود به نـــام مرحوم ابوطالب. ایشان یک کتاب خیلی جالب هم دارد به نام  «اســــرار العقائد»که بحث های کلامی خیلی خوبی دارد. 

جالب این است که همان موقع هم نسبت به فلسفه یک مقداری حساسیت بود و خیلی ها مخالف فلسفه بودند. اولین جرقه ای که زده شد همان مرحوم آقا سید نورالدین بود. یک وقت ایشان در ضمن درس گفتند که من وقتی می خواستم فلسفه بخوانم رفتم خدمت پدرم و از پدرم اجازه گرفتم. پدرم گفتند: به شرطی که مقلـــــد فلاسفه نباشی. این سخن مرحوم آقا سید نورالدین، برای من خیلی مهم بود که ایشان از پدرش اجازه گرفته است، پس من هم باید اجازه بگیرم. من هم از مدرس رسمی مدرسۀ هاشمیۀ شیراز یــــــعنی آیت الله آقا میرزا علی اکبر ارسنجانی اجازه گرفتم. 

    و باز در ادامۀ مصاحبه با « کتاب ماه فلسفه» صفحۀ 10 در بارۀ جنبه های تأثیر گذار شخصیت حاج سید نورالدین می گویند:

طبعا برای من تمام اساتید برای تمام رشته ها حرمت قائلم، ولی حقیقتا برخی از اساتید فقط تأثیر علمی نداشتند، تأثیر روحی داشتند، تأثیر اخلاقی داشتند، و این ها برای من برازندگی دارد. مثلا از بین اساتید شیراز، مرحوم آقا سید نورالدین برای من خیلی جلوه داشته، هنوز هم دارد. به خاطر آن روحیۀ خاصـی که داشت و شجاعت و شهامت و تدین و عنایتش به طلبه . من احساس می کنم که ایشان مرا کشف کرد و همیشه مشوق من بود. این مرد همیشه در ذهن من نمود دارد، تأثیر ایشان خیلی زیاد بوده. ..مـــــــن در عزای دو نفر خیلی گریه کردم: یکی مرحوم سید نورالدین و یکی هم استاد مطهری.

مرحلۀ سوم: تحصیل در مدرسۀ هاشمیه.

آیت الله بهشتی در نخستین جلسۀ مصاحبه با رادیو فرهنگ، در خصوص مهاجرت به مدرسۀ هاشمیۀ شیراز، چنین اظهار می دارند:

سپس از مدرسۀ خان به مدرسۀ هاشمیه مهاجرت کردم. از طریق امتحان می خواستند چند طلبۀ خوب امتحان کنند تا در آن جا مشغول تحصیل بشوند. امتحان برگزار شد و من در آن امتحان موفق شدم و در آن مدرسه به من حجره دادنـد و شهریه ای هم از موقوفۀ همان مدرسه که آن زمان، ماهی 60 تومان بود به من دادند. در آن زمان، 60 تومان پول بسیــارخوبی بود.

زمینه های خوبی مانند محیط معنوی مدرسۀ هاشمیه و حضوراستادان وارسته، شوق فلسفه آموختن را در قلب جوانی چون من که شدیدا تحت تأثیر پدر و اساتید گرانمایه ام بودم و عملا آنان را اســــــوه و الگوی خودم قرار داده بودم شدت بخشید؛ ولی در عین حال محتاط بودم. ناچار از مدرس مدرســۀ هاشمیه، مرحوم آیت الله ارسنجانی کسب تکلیف کردم. او که همواره مشوق و ناظر بر کارها و برنامه های من بود بزرگوارانه به من فرمود: «اگر شخص دیگری با من مشورت می کرد می گفتم: نخـــوان؛ ولی به تو می گویم: بخوان!» درود بر روان پاک او و همۀ اساتیدم که چگونه ذره پروری می کردنــد وبدون امر و نهی  و دخالت و با تشویق و محبت به هدایت و ارشاد و تربیت و تهذیب من می پرداختند.     

    به هر روی، بعد از این رهنمود خردمندانۀ استاد، آیت الله بهشتی در حالی که هم تشویق های پدر و هم هدایت گری های اساتیدی چون آیت الله ارسنجانی را با خود به همراه داشتند، بدون هیچ شک و تردیدی و با عزم واراده و شوق وافر، تصمیم به فراگیری فلسفه می گیرند. در مدرسۀ هاشمیۀ شیراز، استادی به نام آیت الله سید حسین جهبز حضور داشت که به تعبیر آیت الله بهشتی در کتاب خبرگان ملت( صفحۀ 111) « تنها استاد پرمایه و جامع حکمتین در شیراز و الگوی خدمت بی ریا و بی بوقع بود و با مختصر کشاورزی امرار معاش می کرد و روزانه در حجرۀ کوچک خود در مدرسۀ هاشمیه به طلاب، علم و عمل می آموخت. او تدریس فلسفه را بر عهده داشت.»  معظم له در سومین جلسۀ مصاحبه با رادیو فرهنگ از استاد خود، مرحوم  آیت الله سید حسین جهبز چنین یاد می کنند:

...و خیلی خوب است که استاد فلسفۀ خود را در شیراز که خیلی غریب و گمنام است معرفی کنم. ایشان یک چهرۀ روحانی بسیار برجسته ای بود که در همان مدرسۀ هاشمیۀ شیراز به کلی از منابع روحانیت و آخوندی اســــــتفاده نمی کرد. ایشان در اصل اهل « کربال»، منطقه ای در اطراف شیراز بوده، آن جا برنج کاری می کرد. ملکی هـــــــم نداشت، ولی یک روستا را خودش اجاره می کرد، مشغول برنج کاری می شد و موقع برداشت محصول هـــــــــــم می رفت یکی دو ماه آن جا می ماند، محصول را برداشت می کرد، می فروخت و مال الاجاره را می داد، بعد هــــم در آمدش را می آورد شیراز، یک سال با آن درآمد زندگی می کرد، و تنها کارش هم این بود که در این مدرســۀ شیراز از صبح تا عصر تدریس می کرد، همۀ دروس را می گفت؛ ولی من پیش ایشان فلسفه خواندم.

     آیت الله بهشتی ابتدا در محضر استاد جهبز، بخش منطق کتاب « شرح منظومه» حاج ملا هادی سبزواری و سپس، بخش حکمت این کتاب را فرا گرفتند. در همان کتاب « خبرگان ملت» صفحۀ 112  می نویسند:

دیگر تردیدی به دل راه ندادم. از مرحوم استاد جهبز تقاضا کردم که برایم شرح منظومۀ حکیم سبزواری بگوید. او با آغوش باز پذیرفت و بخش منطق شرح منظومه را برای من تدریس کرد. در بحث مغالطات، حساسیت نشان داد و از من جزوۀ تحقیقی خواست. آن سال ها چنین کاری بی نظیر بود. نوشتن جزوۀ تحقیقی برای من برکاتـــی داشت. از آن پس متوجه شدم که درس خواندن بدون نوشتن و کار پژوهشی کردن بی فایده است.

    همان گونه که پیش از این گفته شد، آیت الله سید نورالدین شیرازی نیز استاد دیگری بود که آیت الله بهشتی در مرحلۀ سوم تحصیل در شیراز از ایشان بهرۀ علمی گرفتند و قسمت هایی از مکاسب را در محضر وی تلمذ کردند. چگونگی برخورد آیت الله سید نورالدین شیرازی، هنگام با خبر شدن از اشتغال آیت الله بهشتی به تحصیلات کلاسیک نیز خواندنی است. بهتر است برخورد آموزندۀ  این استاد را از زبان خود آیت الله بهشتی بشنویم.

از تحصیلات کلاسیک هم گزارشی بدهم. من علاقه داشتم که از علوم روز بیگانه نباشم و حتما مدرک تحصیلی بگیرم. از این رو، پس از گذراندن امتحانات متفرقۀ ششم ابتدایی در سال 1333 شمسی، طی سه سال پیاپی، دروس دورۀ متوسطه را به صورت داوطلب امتحان دادم و در سال 1336 شمسی بــــه اخذ دیپلم متوسطه در رشتۀ ادبیات نایل شدم. آن سال ها انجام چنین کاری جرأت و جسارت مــــــی خواست. روحانیت به دلیل ضربه هایی که از رژیم خورده بود، از این گونه کارها استقبال نمی کــــرد. برای همین من نتوانستم در مدرسۀ آقاباباخان ادامۀ تحصیل بدهم، چرا که مدرس مدرسۀ مزبور بــــه شدت مخالفت می کرد. با ورود به مدرسه خان و مدرسۀ هاشمیه، این  محدودیت کم شد یا به صــــفررسید. در سال 1335 شمسی که امتحانات پنجم متوسطه را می گذراندم، دو سه ماهی در محضـــــــردرس مرحوم آیت الله حاج سید نورالدین حاضر نشدم. پس از پایان امتحانات ، یک روز بعد از ظـــهر به منزل ایشان رفتم. چند نفر از طلاب هم حاضر بودند. او علت غیبت مرا از درس جویا شد. من کـــه قدری بیمناک بودم از دادن جواب صریح طفره رفتم و به طور سربسته گفتم که گرفتار بودم؛ ولــــــی یکی از طلاب مرا لو داد وگفت: درس جدید می خواند! حقیقتا دچار اضطراب شدم. نمی دانستم چــــه واکنشی نشان می دهد؛ ولی او زبان به تحسین گشود و گفت: زبان هم می خوانید؟ گفتم: آری. گفت: طلاب و علمای آینده باید از علوم روز و زبان خارجی اطلاع داشته باشند! او با این سخن خود ،شـــوق وافری در من نسبت به فراگیری علوم ایجاد کرد.

     پس از رحلت آیت الله حاج سید نورالدین ، یعنی در سال 1335 شمسی، و تعطیل شدن درس مکاسب ایشان، در درس خارج اصول و در درس نزدیک به خارج مکاسب آیت الله حاج شیخ بهاءالدین محلاتی که صبح و عصر برگزار می شد و نیز درس تفسیر وی که مدت کوتاهی ادامه یافت، فعالانه شرکت نمودند. در کتاب « خبرگان ملت»  صفحۀ 110 در بارۀ آیت الله محلاتی  می نویسند:

و نیز روحانی متین و موقر و سیاستمداری بود. او از شاگردان برجستۀ آقا ضیاء عراقی و خود از مراجع تقلید بود. وی درایت، متانت، فقاهت، سیاست و اخلاق را به هم آمیخته بود و در تهذیب و تربیت نفوس، ید طولایی داشت.

درس اصول او در خانه، گویی حوزۀ پر بار نجف را به شیراز آورده بود. زمانی که در قم، قسمتی از درس کفایۀمرحوم آیت الله سلطانی طباطبایی را درک کردم به حق شهادت دادم که شریعت، از سلطانی چیزی کم نــدارد؛ جز اینکه سلطانی در حوزۀ بزرگی چون قم تدریس می کرد و او در حوزۀ کوچکی چون حوزۀ شیراز.

سال های آخری که در شیراز تحصیل می کردم به هیچ وجه مشکل معیشتی نداشتم. دیگر نیازی نبود که از پدر و مادر کمک بخواهم؛ بلکه می توانستم کمک  بکنم. اگر لطف خدا نبود و اگر عنایات صاحب همۀ حوزه ها یعنی امام عصر ( ع ) نبود، هرگز کار من به این جا ها نمی رسید. آن روزها تلقی بسیاری این بود که طلبگی یعنی فقر و گرسنگی و ذلت؛  و من می دیدم که خلاف آن است. منبع درآمد من، یکی شهریۀ مدرسۀ هاشمیه بود که از موقوفات آن پرداخت می شد و دیگری شهریۀ مرحوم آیت الله سید نورالدین شیرازی. پس از ارتحال وی، منبع درآمد من، شهریۀ مرحوم آیت الله محلاتی و از همه بالاتر، منابری بود که در ایام محرم وصفر و رمضان می رفتم.