در بخش «تحصیلات حوزوی آیت الله بهشتی در شیراز» گفته شد که ایشان بعد ازگذراندن امتحانات ششم ابتدایی در سال 1333، تصمیم می گیرند که تحصیلات خود را در رشتۀ ادبیات تا مرحلۀ اخذ دیپلم ادبی ادامه دهند و سال 1336 به این هدف خود نایل می گردند. بعد از ورود به قم درسال 1338 کم کم به فکر گرفتن مدرک دانشگاهی می افتند، به ویژه این که می بینند استاد مطهری برای تدریس و دکتر بهشتی، دکتر مفتح، و دکتر با هنر برای اخذ مدرک به دانشکدۀ الهیات دانشگاه تهران آمده اند و ایشان هم تصمیم می گیرند سیرۀ همین سلف صالح را دنبال کنند. در نخستین جلسۀ مصاحبه با رادیو فرهنگ در سال 1382 خاطرات این دوره را چنین بازگو می فرمایند:

نگاه کردم دیدم عده ای از بزرگان حوزه هستند که آمده اند دانشکدۀ الهیات. یا این است که مشغول تحصیل اند یا لیسانس گرفته و مشغول دورۀ دکتری هستند. این آقایان عبارت بودند از: مرحوم شهید بهشتی، و مرحوم شهید مفتح و مرحوم شهید باهنر. من هم به نظرم آمد که به این آقایان تأسی کنم و واقعا آن ها مقتدای من بودند و بر من تقدم داشتند و من هـم تشخیص دادم که در همین راهی که این ها قدم گذاشتند بروم که هم حوزه را دارند و هم دانشگاه را و هر دو جنبه را دنبال می کنند و از طریق ورود به دانشگاه، توفیق کارها و خدمات بیشتری را پیدا کرده اند. و بعد اطلاع پیدا کردم کـه مرحوم شهید مطهری هم آمده اند دانشکدۀ الهیات و مشغول تدریس هستند و در تهران فعالیت دارند. به هر حال، این ها مشوق من شد که من هم همین روش را داشته باشم.  

      لذا درسال 1339 در رشتۀ فلسفه درکنکور دانشکدۀ الهیات شرکت می کنند و پذیرفته می شوند. در سومین جلسۀ مصاحبه با رادیو فرهنگ، خاطرات این دوره را این گونه به تصویر می کشند:

   منتها مسئله این بود که با داشتن دیپلم، یک خلائی در خودم احساس می کردم  و نمی توانستم به همان دروس حوزوی اکتفا کنم. در حوزه، راجع به تحصیلات دانشگاهی سه دیدگاه وجود داشت. یک دیدگاه این بود که طلبه مطلقا نباید وارد این دروس دانشگاهی بشود، به کلی باید برکنار باشد، و دیدگاه غالب در حوزه همین بود. یک دیدگاه هم مال کسانی بود که گریـز می زدند، از حوزه خارج می شدند می آمدند دانشگاه، بعد هم خودشان را خلع لباس می کردند و به کلی از دست می رفتنـد و چه بسا می رفتند تا آن جا که حتی ضد مبانی دینی و روحانیت هم می شدند. این ها دنبال فرصت بودند که یک مدرکـی به دست بیاورند و بروند در ادارات دولتی استخدام بشوند و به رنگ محیط در بیایند و این از ضایعات حوزه بود. دیدگـاه سومی هم بود که اگر طلبه بتواند با داشتن معلومات حوزوی، مدرک دانشگاهی هم به دست بیاورد دو بعدی می شــود و می تواند از این راه خدمات بیشتری انجام دهد. من اطلاع پیدا کردم که مرحوم آقای مطهری، توسط آقای راشد ـ که بـا آقای مطهری هم شهری بودند ـ  به دانشکدۀ الهیات معرفی   و آن جا مشغول تدریس شده اند. به علاوه، دوستانی هم پیش قدم شده بودند در جمع میان حوزه و دانشگاه؛ یکی مرحوم آیت الله شهید بهشتی بود؛ ایشان مدرک گرفته و رئیـس دبیرستان دین و دانش قم بودند و آن جا زبان تدریس می کردند، و البته در حوزه هم دروس حوزوی. بعد مرحوم آقای دکترمفتح بود که مدرک دانشگاهی گرفته و برگشته بود قم و در دبیرستان های قم به عنوان دبیر مشغول تدریـس بود. مرحوم آقای با هنر هم همین روش را داشت. من هم تصمیم گرفتم که همین روش را برای خودم انتخاب کنم، لـذا آمدم دانشکدۀ الهیات ، کنکورشرکت کردم و پذیرفته شدم و طی سه سال ، از 1339 تا  1342،مشغــول دروس شدم و سال 1342 دانشگاهی لیسانس گرفتم.

این سه سال ، این دوره را گذراندم و شاگرد اول دانشکده هم شدم، تمام نمره هایم بیست بود، ولی مرحوم آقای مطهری  دردرس شرح منظومه بــه من بیست نداد، هجده داد، البته من گله نکردم. با مرحوم دکتر گرجی هم یک درسی داشتیم، ایشان گفت، من وقتی دیدم ورقه مال توست ورقه را نخواندم، بیست دادم، عمدا نخواندم که یک اشکالی در ذهنم پیش نیاید کـــــه بیست ندهم. استاد مطهری به من گفتند که شما از این نمرۀ هجدۀ من ناراحت نباشید، هجده من از بیست دیگران بالاتـراست!

     از جمله اساتید آیت الله بهشتی در دورۀ لیسانس، شهید آیت الله  مرتضی مطهری بوده است. در بارۀ روش تدریس اثر گذار و مفید ایشان می گویند:

سال دوم بود که درس شرح منظومه را به استاد مطهری دادند. این درس را سال قبل، یکی از استادان خیلی محترم تدریس می کرد. آن موقع ترم نبود. از مهر شروع می شد و خرداد امتحان می گرفتند. این بندۀ خدا بیانش ضعیف بود. آن سال گذشت، ولی خیلی به دانشجوها سخت گذشت. زیرا آن ها از دبیرستان آمده بودند و پایۀ تحصیلی هم نداشتند و اســـــتاد هم استادی نبود که خوب تفسیر بکند.  به هر حال، آن سال سپری شد و سال بعد همین درس را استاد مطهری بر عهده گرفت. اســــتاد مطهری در تدریس، روش بسیار خوبی داشت. به این معنا که درس را خوب تقریر می کرد و البته در درس شرح منظومــه کتاب نمی آورد، اشعار منظومه را روی تابلو می نوشت، بعد هم شرح می داد. چند جلسه ای که آقای مطهــری درس داد دانشجویانی که از شرح منظومه سرخورده شده بودند با تدریس ایشان به فلسفه علاقه مند شدند. بعضی هاشـــان گفتند: واقعا ما امسال طعم فلسفه را چشیدیم!