مدت اقامت و تحصیل حضرت آیت الله بهشتی در شیراز، درست ده سال به طول انجامید: از سال 1328 تا 1338شمسی. همان گونه که گفته شد، ایشان با استعداد و همتی که در مسیر سخن وری و گویندگی از خود نشان دادند توانستند در منبر و خطابه پیشرفت کنند. آبادان ، یکی از شهرهایی بود که منبرهای آیت الله بهشتی در آن جا رونق و پیشرفت شایان توجهی پیدا کرد. در سال 1338، بعد از اتمام برنامۀ تبلیغ و سخنرانی در ماه محرم وصفر در این شهر، از همان جا مستقیما عازم قم گردیدند و در مدرسۀ دار الشفا در حجرۀ مشترکی اقامت گزیدند. اما نمی دانستند از درس کدام یک از مدرسین حوزه استفاده کنند و لذا در بارۀ انتخاب استاد از آیت الله مظاهری اصفهانی کسب تکلیف کردند. ایشان از دو مدرس خیلی تعریف می کند: یکی حضرت امام و دیگری آیت الله محقق داماد؛ اما توصیه می کند که فعلا درس آقای داماد برای ایشان زود است و ترجیح می دهد آیت الله بهشتی در درس امام شرکت کنند. ایشان هم به توصیۀ آیت الله مظاهری عمل می کنند و از سال 1338 تا سال 1342 در درس خارج  امام خمینی ( ره) که در مسجد سلماسی و سپس در مسجد اعظم  برگزار می شد حاضر می شوند. گفتنی است که درس فقه امام صبح ها و درس اصول ایشان عصرها دایر بود. بعد از درگذشت آیت الله بروجردی در سال 1340 امام، درس  خارج فقه خود را به مسجد اعظم منتقل می کنند. همچنین به توصیۀ آیت الله مظاهری در درس آیت الله بروجردی نیز حاضر می شوند و دو سال، یعنی از سال 1338 تا سال 1340 که سال ارتحال آیت الله بروجردی است، از محضر ایشان بهره مند می شوند؛ هرچند درس آیت الله بروجردی، تعطیلات خیلی زیادی داشت. در مصاحبه با ماهنامۀ تخصصی« کتاب ماه»، می فرمایند:

سال سی و هشت آمدم به قم. در قم نا آشنا بودم. با آیت الله مظاهری که اکنون در اصفهان هستند مشورت کردم. گفتم: من آمدم قم، می خواهم درس خارج بخوانم. نگفتم می خواهم فلسفه بخوانم، می دانستم برای فراگیــــری فلسفه باید در درس علامۀ طباطبایی حضور یابم، ولی در فقه و اصول که مدرسین متعددی داشت باید چه می کردم؟ ایشان گفتند: درس آقای بروجردی خیلی درس خوبی است، ولی تعطیلات زیاد دارد، به ایــــن درس اکتفا نکنید. درس حاج آقا روح الله خمینی درسی است که برای شما خوب است و حتما بروید سراغ درس ایشان. من هم قبول کردم و درس فقه و اصول امام می رفتم. در درس آقای بروجردی هم که خیلی روزهای تعطــیل داشت شرکت می کردم.

و در مصاحبه با « کتاب ماه فلسفه»، در تجلیل از روش تدریس آیت الله العظمی بروجردی می فرمایند:

مرحوم آیت الله بروجردی خیلی بر من تأثیر داشت، واقعا تدریس او نمونه بود، حیف که کم بود، تعطیلی زیــــاد داشت ودرسش کوتاه بود، شاید 20 یا 25 دقیقه، ولی در همین زمان، کلی مطلب با یک زبان شیرین و ساده ای بیان می کرد.

     دیگر استاد آیت الله بهشتی در آغاز ورود به حوزۀ علمیۀ قم، یعنی سال 1338،  مرحوم علامۀ طباطبایی بود. مقارن با زمانی که آیت الله بهشتی در درس امام و آیت الله بروجردی شرکت می کردند، مرحوم علامه در همان مسجد سلماسی که حضرت امام به تدریس فقه و اصول اشتغال داشت، الهیات شفا درس می داد. فراگیری درس شفا دو سال ، یعنی از سال 1338 تا سال 1340، به طول انجامید. البته مقارن ورود آیت الله بهشتی به قم درسال 1338، درس اسفار علامه تعطیل شده بود. در بارۀ علت این تعطیلی در مصاحبه با رادیو فرهنگ چنین می گویند:

سال 1338 که آمدم قم... مرحوم علامۀ طباطبایی مواجه شده بود با یک وضعیت خاصی. مرحوم آقای بروجردی به خاطرفشارزیادی که در حوزه بوده، دستور داده بودند که علامۀ طباطبایی درس فلسفه( اسفار) را تعطیل کنند.

اتفاقا کتاب الهیات شفا هم نداشتیم. می رفتیم کتابخانۀ مدرسۀ حجتیه ، یک نسخه چاپ سنگی بود، دست نویـس و ساعت یازده ظهر در درس علامه شرکت می کردیم.

     اما پس از رحلت آیت الله بروجردی در سال 1340، علامۀ طباطبایی درس شفا را تعطیل و دوباره درس اسفار را در مسجد فاطمیه شروع می کند و در این مرحله نیز آیت الله بهشتی از محفل درس و بحث علامه بهره مند می شوند. ناگفته نماند که در این سال ها مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی ـ که هم اهل فلسفه و هم مدرسی شناخته شده در زمینۀ فلسفه بوده ـ  نیز از جمله شرکت کنندگان در درس پدر بوده است. برخی از دوستان همدرس آیت الله بهشتی، این پیشنهاد را مطرح می کنند که خوب است از این فرصت استفاده و از آقا مصطفی تقاضا شود که درس شرح منظومه را شروع کند. آیت الله حاج مصطفی خمینی هم می پذیرد و در مدرس مدرسۀ حجتیۀ قم، شرح منظومه را تدریس می کند. آیت الله بهشتی در مصاحبه با رادیو فرهنگ در این زمینه می گویند:

زمانی که صبح ها وعصر ها درس فقه و اصول امام می رفتیم، مرحوم آقا مصطفی خمینی هم می آمدند درس امام، بعضی از دوستان هم مباحثه ای من، که اکنون در شیراز و اصفهان هستند، گفتند که می خواهیم به آقا مصــــطفی  پیشنهاد کنیم  چون فلسفه اش خیلی خوب است یک شرح منظومه بگوید. من گفتم: من که شرح منظومـــــــــه خوانده ام ولی در عین حال حرفی ندارم.

     استاد دیگر آیت الله بهشتی در سال  ورود به قم، یعنی سال 1338، آیت الله سید محمد باقر سلطانی طباطبایی  (پدر خانم مرحوم حاج احمد آقای خمینی )بوده است. با این که ایشان در شیراز هر دو جلد کفایه، به استثنای اواخر جلد دوم، را نزد اساتید طراز اول شیراز تلمذ کرده بودند، اما به دلیل تدریس جذاب و زیبایی که آیت الله سلطانی داشته علاقه مند می شوند که در درس ایشان نیز شرکت کنند ؛ هرچند مرحوم سلطانی، تدریس کفایه را از اول جلد دوم شروع می کند. این حادثه، علاوه بر فواید و برکات علمی برای  آیت الله بهشتی ،حکمت دیگری هم داشته که مدتی بعد آشکار می شود. بهتر است موضوع را از زبان خود آیت الله بهشتی درچهارمین جلسۀ  مصاحبه با رادیو فرهنگ بشنویم:

ما از محضر این آقایان استفاده کردیم و کم کم در قم، ضمن اینکه درس خارج فقه و اصول را ادامه می دادیم، تصمیم  گرفتیم در حوزه امتحان هم بدهیم. امتحان هم امتحان آخرین مقطع، یعنی خارج بود...ممتحن هم مرحوم آیت الله سلطانــــــــی طباطبایی و یک آقای دیگری بودند که الآن نمی دانم چه کسی بوده، حتی چهره اش هم یادم نیست. ولی مرحوم آقای طباطبایی کـــه آن وقت معروف به سلطانی بود، یک کفایۀ خیلی زیبایی در قم می گفت. من هم با اینکه درس خارج می رفتم بررسی کــــردم دیدم بهترین درسی که در کفایه هست درس ایشان است، اما ایشان از اول جلد دوم کفایه را می گفت و من فقط اواخـــــــــــر جلد دوم را نخوانده بودم. در عین حال درس ایشان را که ساعت 11 صبح مسجد امام برگزار می شد رفتم. بعد که رفتیـــــــم امتحان بدهیم دیدیم آقا خودشان ممتحن هستند! امتحان هم به صورت شفاهی در مدرسۀ فیضیه برگزار می شد. موقـع امتحان هم سه چیز را امتحان می کردند. کفایه، مکاسب، و یک جزوه درس خارج که طلبه باید ارائه می داد. و من جـــزوه ای که ارائه دادم مربــوط به درس خارج آیـت الله بروجـردی بود.آقای سلطانی یک جایی از جلد دوم کفایه را آوردند و یک جایی هم از مکاسب و فرمودند که برو کتابخانه ، نیم ساعت مطالعه کن . رفتیـم و نیم ساعت مطالعه کردیم. در این نیم ساعت هم مطلب کفایه و هم مطلب مکاسب را به دست آوردم، آمدم خدمتشان، عبارت را خواندم و سؤالات ایشان را هم جواب دادم. امتحان که تمام شد خدمتشان عرض کردم: آقا شما الان دارید جلد دوم کفایه را می گویید و من هم که شاگرد خودتان هستم و شما آن جایی که آوردید من امتحان بدهم غیر از آن جایی است که داریــد درس می دهید و هنوز به این جاها نرسیده اید! چرا این کار را کردید؟! ایشان فرمودند: کسی که درس خارج امتحان می دهـد باید جلدین کفایه را تمام کرده باشد، شما تمام نکردید؟ و به این ترتیب ما لو رفتیم! گفتم: آقا من جلدین کفایه را در شیــراز خواندم و مقداری از  اواخر جلد دوم را نخوانده بودم. قم که آمدم می خواستم این قسمت باقیمانده را بخوانم، دنبال استاد  می گشتم، وقتی دیدم شما دارید از اول جلد دوم کفایه را می گویید حقیقتا خوشم آمد که بیایم درس شما و آن تتمه را هـم وقتی رسیدید  بخوانم. ایشان از این جواب خیلی خوششان آمد و گفتند: به هر حال امتحانت خوب شد و دیگر مشکلـــــی نیست. ما هم خوشحال شدیم و از ماه بعد، اولین شهریۀ مرحوم آقای بروجردی را دریافت کردیم که در درس خارج،  30 تومان به افراد مجرد و 60 تومان به افراد معیل بود. و ما هم چون هنوز مجرد بودیم 30 تومان را گرفتیم، چون من سال 1340 ازدواج کردم.