الف. در شیراز
چنان که پیش از این گفته شد، آیت الله بهشتی بعد از ورود به آخرین مدرسۀ علمیۀ شیراز، یعنی مدرسۀ هاشمیه، و بعد از کسب اجازه از استادشان، مرحوم آیت الله آقا میرزا علی اکبر ارسنجانی، برای فراگیری فلسفه و اجازۀ تشویق آمیز ایشان، هم منطق و هم حکمت منظومه را نزد مرحوم آیت الله آقا سید حسین جهبز تلمذ می کنند. در این مرحله، علاوه بر ایشان، طلبۀ دیگری هم حضور داشته که با آیت الله بهشتی هم درس بوده و ایشان بعد از تدریس استاد، یک بار دیگر خودشان مطالب استاد را در قالب مباحثه، به آن طلبه آموزش می داده اند. به این ترتیب، نخستین تجربه های آموزشی در زمینۀ علوم حوزوی در زندگی علمی معظم له رقم می خورد و زمینۀ شکوفایی و بالندگی استعداد مدرّسی ایشان فراهم می آید.
ب. در قم
آیت الله بهشتی بلافاصله پس از اتمام دروس دورۀ دکتری در سال 1345 و بازگشت به قم، تدریس دروس حوزوی را آغاز می کنند. در مصاحبه با « کتاب ماه فلسفه» در این زمینه می فرمایند:
به هر حال، این سه دورۀ دکتری در سال 1345 تمام شد و من رفتم حوزه و تدریس را شروع کردم. درس شرح منظومۀ من در آن زمان خیلی گرفت. این درس، ساعت یازده صبح زیر گنبد مسجد اعظم برگزار می شد. گاهی نصف زیر گنبـد از طلبه ها پر می شد. بعد می آمدند می گفتند اساتید دیگری هم هستند که این درس را می گویند، ولی از این درس شما حقیقتا بهتر استفاده می کنیم. شاید سه، چهار دوره شرح منظومه را در قم گفتم، تا سال 1357 که دیگر انقلاب شد ایــن درس همین طور ادامه داشت. البته در کنارش درس های دیگر هم می گفتم؛ فقه، اصول، رسائل، مکاسب. کم کم در آن موقع برخی طلبه ها پیشنهاد دادند یک مقدار اسفار هم گفتم، ولی گرایش طلبه ها زیاد به اسفار و شفا نبود، بیشتـرمی خواستند در حد شرح منظومه بیشتر نباشد.
و در سال 1380 در کتاب « خبرگان ملت»، صفحۀ 119 می فرمایند:
در تدریس های حوزوی، تمام متون درسی را تا کفایه و مکاسب تدریس کرده ام. رسائل، مخصوصا « الرسائل الجدیدۀ» مرحوم آیت الله مشکینی را بیشتر تدریس کرده ام. شرح منظومۀ سبزواری را چند بار درس داده ام. تا قبل ازییروزی انقلاب، این درس ـ که زیر گنبــــد مسجد اعظم برگزار می شد ـ از دروس شاخص بود. پس از پیروزی انقلاب نیز یک دوره شرح منظومه و یــک دوره الهیات شفا را در مدرس مدرسۀ فیضیه تدریس کرده ام. با توجه به علاقۀ زیادی که به تدریس تفسیر و فقه و اصول و کلام دارم، دوره های مکرری در مؤسسات تفسیـــــــر و کلام حوزه درس داده ام.
گفتنی است که آیت الله بهشتی، از اواسط دهۀ 1380 و به ویژه، بعد از بازنشستگی از دانشگاه تهران در سال 1387 تدریس خارج فقه و اصول را در مدرسۀ فیضیه آغاز می کنند که به فضل پروردگار متعال، تاکنون به طور منظم و مستمر ادامه داشته و به خواست خداوند سبحان، ادامه خواهد داشت. 