طبق قوانین آن زمان، شاگردان ممتاز دورۀ لیسانس می توانستند بدون کنکور دکتری وارد این دوره بشوند. حضرت آیت الله بهشتی نیز با استفاده از همین امتیاز، از سال 1342 دورۀ دکتری رشته فلسفه را آغاز می کنند و سال 1345 دروس این دوره را با موفقیت پشت سر می گذرانند.  در سال اول دکتری، دروس اسفار و شفا را با مرحوم استاد مصلح می گذرانند. در مصاحبه با « کتاب ماه فلسفه» از تجارب این دوره چنین یاد می کنند:

سال اول و دوم، استادم آقای مصلح بود که ایشان، هم اسفار می گفت هم شفا. البته من اسفار و شفا را مقداری از علامۀ طباطبایی استفاده کرده بود. مرحوم آقای مصلح هم این دو درس را می گفت، خدا رحمتش کند، حق استادی دارد، ولی انـــتظاری که ما داشتیم برآورده نمی شد. اشکال عمده، همین عبارت خوانی بود، توضیح آن چنانی نمی دادند. این روش را مـــن هیچ وقت نپسندیدم. من معتقد بودم که استاد باید درس را به طور جدی و کامل پیشاپیش تقریر کند، بعد می خواهــد با عبارت هم تطبیق بدهد، بدهد؛ تطبیق هم نداد خود طلبه و دانشجو می روند مطالعه می کنند. من این روش را می پســــندم و آن را هم از علامۀ طباطبایی و هم از استاد مطهری آموخته ام.

سال اول و دوم، آقای مصلح درس گفتند و حالا برای من هنوز هم سؤال است که چرا برای استاد مطهری درس دکتری نمی گذاشتند. نه سال اول، نه سال دوم، نه سال سوم. البته بعدها برایش درس گذاشتند، ولی آن دوره که ما بودیم برایشان درس نگذاشتند. سال سوم هم مرحوم دکتر حائری این درس را گفتند و بسیار پخته، ولی همان اشکالی که در درس آقای مصلح داشتیم در درس ایشان هم داشتیم، تقریر نمی کردند، پیشاپـیـش، عبارت می خواندند و یک توضیحی هم می دادند و این اشکالی است که هر کس این گونه درس بدهد مــن به آن ایراد دارم. استاد با این روش، نمی تواند آن طور که باید و شاید درس را برای طلبه و دانشجو جا بیندازد.

پس از آن که در سال 1345 دورۀ دکتری دانشکدۀ الهیات را از نظر آموزش تمام کردم، حقیقتا نوشتـن رساله برایم جاذبه نداشت، چون می دانستم که اگررساله را بنویسم و دفاع کنم، در شرایط آن روز رژیم و موقعیت خودم از نظر مبارزات، قطعا مرا به دانشگاه راه نمی دهند؛ این بود که تدوین  رساله چند سال طــول کشید  تا سال های 1352 و 1353 که مرحوم استاد مطهری، مدیر گروه فلسفۀ دانشکدۀ الهیات شـدند، آمدم خدمت ایشـان و گفتم: رساله ام مانده، و می خواهم موضوعی پیدا کنم و شروع به کار کنم. ایشان خودشـان پیشنهاد کردند و گفتند که ما می خواهیم به طور کامل ابن سینا با ارسطو مقایسه شود تا ببینیم آیا ابن سینـا درمقابل ارسطو حرف تازه ای دارد یا نه ، تکرار همان مکررات است؟ این کاری بود که جدا مورد علاقۀ اســـــــتاد مطهری بود و نظرشان این بود که که کل فلسفۀ ارسطو و بوعلی سینا مقایسه شود و نوآوری های شیخ الرئیـــس برای نسل امروز و حوزویان و دانشگاهیان مشخص گردد. وچون این، کار یک نفر نیست می خواهیــــــــم این  تحقیق را بین چند دانشجوی دکتری تقسیم کنیم . ایشان افزودند: این بخش اول، خودش شامل چهار مسئــله است : اول: تعریف فلسفه؛ دوم: تقسیمات علوم؛ سوم: مسائل وجود و عدم؛ چهارم: مواد ثلاث. این به عهدۀ شما. دانشکده هم این موضوع را تصویب کرد، خود استاد مطهری و دکتر آریان پور هم هردو شدند استاد راهنمـــا، دو تا قطب متضاد! رفتم دکتر آریان پور را پیدا کردم گفتم: قرار است من رسالۀ دکتری بنویسم، شما هــــــم راهنما هستید، مرا راهنمایی کنید. گفت: به من کاری نداشته باش تا موقع دفاع؛ من فقط روش را به شمــــــــا می گویم، از نظر مراجعه به منابع و ارائۀ مآخذ و مدارک.     اما استاد مطهری گام به گام با من همراه بودند و تمام نوشته های مرا می گرفتند می خواندند و آن جاهایی که نظر داشتند در حاشیه می نوشتند، بعد هم به من پس می دادند، من هم آن جاهایی که لازم بود نظرشان رامراعات می کردم. حتی بعد از آن که از دانشکدۀ الهیات به ناچار بازنشسته شدند.

     یکی از استادان بازنشستۀ دانشکدۀ الهیات می گفت:« ما دیدیم مطهری و آریان پور با هم سر مسائل عقیدتی درگیرند و دانشجویان نیزدر موافقت و مخالفت با آنان دو دسته شده و دانشکده را به تشنج کشیده اند. از این رو، در شورای دانشکده تصویب کردیم که هر دو بازنشسته شوند! » معنای این گزارش این است که استاد مطهری همواره فدای عقیدۀ پاک خودش شده است. به هر حال، وقتی بازنشسته شدند می آمدند قم ، هفتـــــــــــــه ای دو روز، روزهای پنجـــــــــــشنبه و جمعه در  قم بودند. هم جلسات عمومی و هم جلسات خصوصی داشتند. جلسات عمومی شان برا ی طــلاب  و شامل درس های قرآنی و اسفار بود. جلسات خصوصی شان که در منزل دوستان تشکیل می شـد شامــــل بحث های مارکسیسم و فلسفۀ غرب و مسائلی از این دست بود. حتی ایشان کتاب « مارکس و مارکسیســم»را می آوردند و در جلسه می خواندند و نقد می کردند. این جلسه، سیار بود. من، آقای محقق داماد، آقـــای احمد احمدی ، آقای مدرسی ـ که الآن امریکاست ـ و برخی دیگر در این جلسات خصوصی شــــــــــــرکت داشتیم. در آن جلسات، بحث های عمیق و خوبی مطرح می شد. شبی هم که جلسه در قم، منزل یکی از همین رفقا بود همان جا بیتوته می کردند، بعضی شب ها هم منزل خود ما بودند. بعد از اتمام این جلسات در منزل ما، نوشته های مربوط به رساله را خدمتشان می دادم، ایشان هم مطالعه می کردند و یادداشت هایی هــم در حاشیه می نوشتند و من هم بعد این نظرات را رعایت می کردم.     بعد از بازنشستگی استاد مطهری، ناچار باید مجددا استاد راهنمای دیگری انتخاب می کردم. این استاد، دکتر حائری بود. به هر حال، سال 1356 از رساله با عنوان: « مقایسۀ مابعد الطبیعۀ ارسطو و ابن ســـــــینا» و با راهنمایی مرحوم حائری، دفاع کردم.