کتاب عیسی در قرآن، از آثار پژوهشی دقیق و مبسوط آیت الله بهشتی در موضوع حضرت عیسی و زوایای شخصیت وی از دیدگاه قرآن است. این کتاب، مشتمل بر یک مقدمه و پنج بخش است. در مقدمه به موضوعاتی مانند: عیسی، انجیل و قرآن پرداخته شده است. در بخش اول در باب مقام امتنان و موضوعاتی از قبیل  مفهوم روح القدس و حقیقت آن، چگونگی شکست بنی اسرائیل، کرامات سعداء، و  خذلان اشقیا سخن رفته است. در بخش دوم، پیرامون مقام تحدیث، اصطفا و تطهیر، تقرب عیسی، وجاهت عیسی، اسباب و ویژگی های تقرب، قرب خدا و قرب بشر، اسباب قرب و بعد انسان، کلمۀ خدا، دلیل کلمه نامیده شدن عیسی، تصدیق عیسی، و استمرار رسالت در قالب تصدیق و تبشیر بحث شده است. در بخش سوم در خصوص ضرب المثل قرآن، عیسی بر قلۀ انعام الهی و شگفتی آفرینش، و فرشته در قالب انسان سخن گفته شده است. در بخش چهارم در بارۀ حواریون و درخواست مائده، انگیزۀ حواریون، درخواست خاضعانۀ عیسی و ادب او  و محتوای نیایش عیسی مطالبی خواندنی مطرح شده است. و سر انجام در بخش پنجم پیرامون موضوعاتی از قبیل الوهیت حضرت مریم ، بررسی پاسخ های عیسی، رسالت و شهادت، ارزش صدق در روز رستاخیز و جنبه های دوگانۀ قیامت نکات مهمی عرضه شده است.